要抵达第二岛，玩家必须先完成游戏主线剧情的核心部分，即获得七枚道馆徽章并击败红莲岛的道馆馆主夏伯。在红莲岛战胜夏伯后，他会主动邀请并带领玩家乘船前往七岛区域的第一站——第一岛，这是开启七岛篇章的唯一入口。
在第一岛下船后，玩家需要解决一个关键任务以解锁后续航线。首要目标是前往岛屿北部的宝可梦中心，在其左侧可以发现一个火箭队游戏厅。进入并击败内部的火箭队成员，成功解救被绑架的研究员后，返回岛屿南部的码头与船长对话，才能正式激活并选择前往第二岛的乘船服务。
乘船抵达第二岛后，一个主要的障碍会立刻出现在岛屿中部——一只沉睡的卡比兽挡住了去路。要清除这个障碍，玩家必须返回关都地区的紫苑镇。在紫苑镇的宝可梦塔顶层救出富士老人后，可以从他那里获得宝可梦笛子这件关键道具。返回第二岛，对挡路的卡比兽使用笛子即可将其唤醒，从而开辟道路。
解决了卡比兽的问题后，第二岛的全部区域便可供探索。该岛拥有多个重要的功能地点和探索区域。岛屿的东南角设有回忆技能小屋，可以花费特定树果让宝可梦重新学会已遗忘的招式。岛屿西侧有一片需要通过冲浪术才能到达的遗迹区域，内部藏有重要道具。岛屿东部山区则需要碎石术来开辟新路线。岛屿西南角的山洞内设有特殊岩石机关，需要按照特定顺序推动才能进入深处获取隐藏物品。这些区域普遍分布着等级较高的野生宝可梦和训练师，建议玩家的队伍平均等级达到40级以上再进行深入探索。
完成在第二岛的主要活动后，玩家可以通过码头继续前往第三岛以推进七岛剧情。第二岛不仅是探索的重要环节，也承担着连接后续剧情岛屿的中转站功能。在离开前进行充分的物资补给和队伍整理，对后续的冒险旅程将大有裨益。
