宝石镶嵌在少年三国志的神翼系统上，玩家等级达到95级后开启宝石镶嵌功能，神翼上会开放宝石孔，不同品质的神翼孔洞数量不同，蓝色和紫色神翼拥有3个孔洞，橙色神翼拥有4个孔洞，宝石属性对全体上阵武将都有效果。
玩家需要根据宝石类型和神翼特性进行镶嵌，宝石分为攻击类、防御类、生命类和特殊功能类，攻击类宝石如红宝石可提升攻击力和暴击率，防御类宝石如蓝宝石增强防御力，生命类宝石如绿宝石提高生命值和恢复速度，特殊功能宝石则提供命中率或移动速度等额外效果，同一神翼上同属性的宝石只能镶嵌一颗，宝石可以随意镶嵌或者卸下，但镶嵌状态的宝石无法进行合成。
宝石的镶嵌策略应根据武将的角色定位来确定，输出型武将优先镶嵌攻击类和暴击类宝石以最大化伤害输出，防御型武将则侧重防御和生命类宝石增强抗性和生存能力，辅助型武将可选择生命类或特殊功能宝石提升团队效益，在PVP场景中优先选择增加命中率或减伤的宝石，在PVE场景中则侧重攻击和暴击属性，宝石属性增益对全体上阵武将生效，因此需统筹考虑队伍整体需求。
玩家可以通过多种途径获取宝石并进行强化升级，宝石可以通过五行迷阵玩法、活动副本、游戏商城、竞技场商人等途径获取，使用低等级宝石合成高等级宝石可以提升属性加成，一键合成功能自动将背包内宝石合成至可合成的最高等级，宝石变换功能允许同等级宝石种类转换，宝石升级需要消耗金币和同类宝石，强化后的宝石基础属性显著增强。
