部分罕见的口袋妖怪需要通过特定条件或隐藏地点才能捕获。火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟作为经典的传说宝可梦，分别位于灯火山顶、无人发电厂最深处以及双子岛的瀑布深处。其中急冻鸟的捕获需要玩家在双子岛推石头堵住瀑布，而超梦则隐藏在华蓝洞窟最底层，捕获前需确保队伍中有会冲浪和攀瀑技能的宝可梦。这些神兽的等级普遍较高，建议提前准备足够的高级球和状态异常技能以提高捕获成功率。
游戏中的部分宝可梦如代欧奇希斯和基拉祈，仅在特定岛屿或隐藏区域出现。代欧奇希斯位于华兰洞地形复杂的楼层，而基拉祈则出现在华兰洞的超梦幻楼层。雪拉比需要在二岛的尽头森林中寻找，其出现条件与剧情进度相关。这些宝可梦的分布位置往往需要玩家完成主线任务或解决特定谜题后才能到达，探索过程中需留意环境细节和NPC对话提示。
七岛区域隐藏着更多稀有宝可梦，例如在六岛遗产谷草原可捕获古拉多，而盖欧卡需使用超级钓竿在双子岛垂钓获得。七号小岛的超梦洞穴是后期重要挑战地点，洞穴内布局复杂且野生宝可梦等级较高，建议携带会闪光术的宝可梦照明。红蓝宝石的收集任务与这些宝可梦的出现密切相关，玩家需在灯火山和火箭队基地分别获取两块宝石以解锁后续内容。
部分宝可梦如赫拉克罗斯和龙系宝可梦，仅在特定草丛或天气条件下出现。赫拉克罗斯可在绿色小径的记号森林中遇到，而龙系宝可梦多分布在水域或洞穴深处。使用不同钓竿会影响垂钓获得的宝可梦种类，高级钓竿更易钓到稀有水系宝可梦。游戏中的宝可梦灵塔和遗迹区域也常隐藏特殊宝可梦，但需先解决相关剧情事件才能触发遭遇。
捕获罕见宝可梦时，状态异常技能和特殊球种的使用至关重要。催眠粉和麻痹状态能显著提高捕获概率，而高级球、计时球等特殊球种在不同情境下效果各异。部分宝可梦如梦幻需要特殊事件触发，其具体出现机制至今仍是玩家社区的研究课题。游戏中的隐藏要素设计鼓励玩家深入探索每个区域，包括看似普通的草丛和山洞都可能藏有意想不到的收获。
